Staden är främst känd för sina floder med sällsamt kristallklara vatten. En mineral i vattnet binder alla eventuella föroreningar och gör att de omedelbart sjunker ned till botten. En rekommenderad tur går till Aquario Natural Baia Bonita, där man iklädd våtdräkt och snorkelutrustning flyter med den lågsamma strömmen i flera kilometer. Under denna ovanliga resa kan man beundra alla de fiskar och andra djur som lever i undervattenslandskapet.

Trots det korta avståndet skiljer sig den omgivande naturen mycket från Pantanals. Här finns en mängd grottformationer varav de mest kända är Gruta do Lago Azul med en lysande blå underjordisk sjö och Abismo de Anhumas, en 72 meter djup avgrund, i vilken man tar sig ned med hjälp av klätterutrustning. Belöningen när man når botten är fantastiska stalaktitformationer samt en sjö snorkla eller dyka med tuber i. Im området kring Bonito finns även en mängd naturstigar som leder genom berg och djungel till samlingar av vattenfall och naturliga färskvattenpooler.

I och omkring Bonito finns många äventyrsaktiviteter att välja mellan; grottdykning, klättring, djungeltrekking och forsränning är några exempel. Landskapet är dock mycket känsligt för slitage från de allt fler besökarna och endast auktoriserade ekoguider har tillåtelse att arbeta i området. Antalet besökare till varje utflyktsmål är begränsat och flertalet turer sker i grupper om 20 personer eller mer. Bonito har blivit mycket populärt bland brasilianska turister, och om man vill undvika trängsel eller riskera inte få plats på utflykterna bör man om möjligt undvika storhelger och semestermånaderna december till januari samt juli. 

Bonito har varit en turistort i ett fåtal år och möjligheterna till nöjesliv är få. Taboa Bar har dock blivit något av en institution. Här samlas turister och lokala guider på kvällarna för att umgås och utbyta erfarenheter. Värt att tänka på är att de flesta inom Bonitos turistnäring endast talar portugisiska samt att transport sällan ingår i de turer som finns att köpa på plats. Boka därför din utflykter i Bonito hemmifrån, innan din avresa.